1945年,南仁东出生在吉林省辽源市龙山区。他从小学习成绩优异,1963年,南仁东以高考平均98.6分(百分制)的优异成绩夺得吉林省“理科状元”,并考入清华大学无线电系,后就读于中国科学院研究生院,先后获理学硕士和博士学位。